Zoologická zahrada byla otevřena na jaře roku 1949. Založena však byla již o rok dříve. Vznikla z iniciativy skupiny milovníků zvířat, kterou kolem sebe soustředil podmokelský obchodník a zoolog Ludvík Grác.
Expozice Rajské ostrovy je unikátní samostatná expozice děčínské ZOO.